Δεν έχουμε γραπτές  μαρτυρίες  για το ξεκίνημα του  ιερού προσκυνήματος της  Χρυσοσκαλίτισσας. Η παράδοση αναφέρει ότι η ιερότητα του χώρου αρχίζει με την παρουσία (εύρεση) της εικόνας της  Κοίμησης της  Θεοτόκου σε κόγχη του βράχου. Η εικόνα αυτή κρύφτηκε εδώ πιθανότατα την εποχή της εικονομαχίας  726- 842μ.Χ. Λέγεται μάλιστα ότι βρέθηκε από ένα γεωργό που έβλεπε σαν όραμα φλόγα καντηλιού τα βράδια.

Πριν κτισθεί η Χρυσοσκαλίτισσα στη θέση της  υπήρχε άλλος  ναός στο όνομα της Κοίμησης της  Θεοτόκου. Ήταν προσκολλημέvος σε σπηλαιώδη βράχο. Στη σκέπη του βράχου υπήρχε και άλλοθι  συνεχόμενος ναός της Αγίας Τριάδος.

Το όνομα το πήρε, (κατά την παράδοση πάντα), από ένα χρυσό σκαλοπάτι, το τελευταίο από τα ενενήντα οκτώ που είχε τότε. Τα πρώτα χρόνια της Τουρκοκρατίας, ο Πατριάρχης αναγκάστηκε να πουλήσει τα κτήματα της Μονής  καθώς  και το χρυσό σκαλοπάτι, για να πληρώσει τους  βαρύτατους φόρους  που είχε επιβάλει ο σουλτάνος, με συνέπεια την ερήμωση του Μοναστηριού.

Την ημέρα του Πάσχα του έτους 1824 έγινε η μεγαλύτερη σφαγή σε ολόκληρη την Κρήτη στο Λαφονήσι από τους  Τουρκοαιγύπτιους. Στο πέρασμά τους χάλασαν δέκα εκκλησίες της περιοχής. Πέρασαν και από τη Χρυσοσκαλίτισσα που ήταν έρημη. Ήθε­λαν να την ισοπεδώσουν, αλλά τους  εμπόδισε ένα σμήνος μελισ­σών, που είχε για κυψέλη την κόγχη που βρίσκεται το εικονοστάσι το οποίο συναντούμε, όταν ανεβαίνουμε στη Μονή.

Το 1943 εγκαταστάθηκαν οι Γερμανοί κατακτητές στη Μονή (αφού έδιωξαν τους μοναχούς). Τότε πολυβολήθηκαν από αγγλικό αεροπλάνο. Σημάδια του πολυβολισμού φαίνονται σε χαμηλή εικόνα του τέμπλου.

Η ζωή ξανάρχισε μετά την 27^η Ιανουαρίου 1944 ημέρα που έφυγαν οι Γερμανοί.

Αυτοί η ζωή συνεχίζεται αδιάκοπα από τους φιλόξενους και δραστήριους μοναχούς που προσφέρουν τις υπηρεσίες τους και κρατούν ζωντανό το ιερό αυτό προσκύνημα.